Le microbiote humain, ensemble des micro-organismes vivant dans notre corps, a connu des transformations notables depuis l’Antiquité. Ces modifications reflètent non seulement des changements culturels et environnementaux, mais interrogent aussi notre santé moderne.
Changements du microbiote à travers le temps
Des analyses de paléofaeces – excréments humains anciens – montrent que la composition microbienne intestinale des populations il y a 1 000 à 2 000 ans diffère largement de celle observée aujourd’hui. Ces études indiquent que le microbiote préindustriel possédait une diversité et une constitution microbiennes que nous avons en partie perdues (source).
Au Néolithique, avec l’apparition de l’agriculture, le microbiome oral n’a pas subi de changements profonds, mais des évolutions plus prononcées sont apparues ultérieurement, notamment l’émergence de mécanismes de résistance aux antibiotiques (source).
Facteurs ayant influencé ces transformations
- L’agriculture a initié des modifications de l’environnement et de l’alimentation, mais son impact majeur sur le microbiote est survenu plus tard.
- Les pratiques d’hygiène évoluées et l’urbanisation ont contribué à réduire l’exposition à certains micro-organismes traditionnels.
- Alimentation moderne dénaturée et usage fréquent d’antibiotiques ont favorisé une perte de diversité microbienne et une sélection de résistances.
Conséquences pour la santé contemporaine
La diminution de la diversité microbienne est associée à une augmentation de certaines pathologies inflammatoires, métaboliques ou immunitaires. Cette observation suggère que nos modifications culturelles ont eu un impact parfois négatif en altérant une relation millénaire entre humains et microbes.
La paléomicrobiologie, grâce à des outils modernes d’analyse du tartre dentaire ou des coprolithes, permet désormais de reconstituer cette histoire microbienne et d’anticiper ses effets sur la santé (source).
